深圳先進(jìn)院袁曙光團(tuán)隊(duì)在國際GPCR-DOCK 大賽中斬獲前三甲
4月13-14日,第七屆國際iHuman GPCR論壇線上召開,會(huì)上公布了全球GPCR-DOCK 2021大賽 結(jié)果,中國科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院醫(yī)藥所袁曙光學(xué)術(shù)團(tuán)隊(duì)及其孵化公司在全球45個(gè)團(tuán)隊(duì)提交的近800個(gè)參賽預(yù)測(cè)模型中脫穎而出,斬獲前三。
據(jù)了解,國際GPCR-DOCK大賽由著名結(jié)構(gòu)生物學(xué)家Raymond C. Stevens等發(fā)起,旨在驗(yàn)證當(dāng)今生物計(jì)算和AI方法能否正確預(yù)測(cè)出GPCR的三維結(jié)構(gòu)折疊以及相關(guān)藥物分子與GPCR的結(jié)合模式。
袁曙光團(tuán)隊(duì)針對(duì)5個(gè)重要的藥物靶點(diǎn)G蛋白偶聯(lián)受體蛋白(GPCR)的三維結(jié)構(gòu)折疊及其藥物分子結(jié)合模式進(jìn)行了精準(zhǔn)預(yù)測(cè),靶標(biāo)整體結(jié)構(gòu)原子位置平均RMSD(root-mean-square deviation)與實(shí)驗(yàn)結(jié)構(gòu)相比只有1.96埃的差別;而關(guān)鍵性的七次跨膜區(qū)域的原子位置平均RMSD與實(shí)驗(yàn)值相比只有1.29 埃的差別。據(jù)大賽組織者之一美國UCSD的Irina Kufareva教授介紹,本次大賽的5個(gè)靶點(diǎn)預(yù)測(cè)難易程度分別為:GPR139<NPY1R<APJ<NMUR2<kOR。袁曙光團(tuán)隊(duì)在kOR等靶點(diǎn)預(yù)測(cè)中斬獲全球前三甲。相關(guān)預(yù)測(cè)不僅正確復(fù)現(xiàn)出GPCR折疊模型,并獲得精準(zhǔn)的藥物分子結(jié)合模型。
G蛋白偶聯(lián)受體蛋白(GPCR)是最重要的藥物靶點(diǎn),人體內(nèi)總共有820多種不同的GPCR,與幾乎所有的人類重大疾病均密切相關(guān)。近40%的上市藥物都針對(duì)GPCR而開發(fā)。GPCR-Dock大賽距今總共舉辦過4次,分別在2008年、2010年、2013年以及2021年。大賽旨在驗(yàn)證當(dāng)今生物計(jì)算和AI方法能否正確預(yù)測(cè)出GPCR的三維結(jié)構(gòu)折疊以及相關(guān)藥物分子與GPCR的結(jié)合模式,以為當(dāng)今GPCR藥物研發(fā)提供理論指導(dǎo)。
關(guān)于袁曙光團(tuán)隊(duì)
袁曙光主要從事計(jì)算生物學(xué)與計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)。2014年,袁曙光創(chuàng)造性提出GPCRs的激活機(jī)制與連續(xù)水分子通路學(xué)說,并得到同行的廣泛認(rèn)可。此外,他所設(shè)計(jì)的兩個(gè) first-in-class的GPCR藥物分子順利進(jìn)入臨床測(cè)試階段,并且獲批國際專利,目前,其中一個(gè)分子成功進(jìn)入臨床二期。2019年,袁曙光加入深圳先進(jìn)院,聚焦利用生物計(jì)算和原創(chuàng)生物技術(shù)針對(duì)GPCR進(jìn)行原創(chuàng)新藥研發(fā)。
第七屆國際iHuman GPCR論壇
團(tuán)隊(duì)預(yù)測(cè)的模型與實(shí)驗(yàn)?zāi)P童B合圖,及大賽排名截圖
根據(jù)大賽官方數(shù)據(jù),團(tuán)隊(duì)預(yù)測(cè)結(jié)果與谷歌AlphaFold2 、RosettaGPCR預(yù)測(cè)結(jié)果比較。(數(shù)值越低越精確)
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