深圳先進院胡政課題組研究成果入選2023年度“中國生物信息學十大進展”
近日,《基因組蛋白質(zhì)組與生物信息學報(英文)》(Genomics,Proteomics & Bioinformatics,簡稱GPB)公布了2023年度“中國生物信息學十大進展”評選結(jié)果。中國科學院深圳先進技術(shù)研究院合成生物學研究所胡政課題組與廈門大學數(shù)學科學學院周達課題組合作發(fā)表在Nature Biotechnology雜志的研究成果“PhyloVelo enhances transcriptomic velocity field mapping using monotonically expressed genes”入選。
新方法實現(xiàn)單細胞命運軌跡的精確預測——PhyloVelo
細胞命運決定是生命的奧秘之一,揭示其規(guī)律和機制對于理解發(fā)育和疾病具有重要意義。然而,如何利用靜態(tài)單細胞組學數(shù)據(jù)預測動態(tài)命運決定過程是生物信息學領(lǐng)域的一項重大挑戰(zhàn)。中國科學院深圳先進技術(shù)研究院胡政和廈門大學周達團隊合作提出了一項基于單調(diào)表達基因的軌跡推斷新算法框架,命名為PhyloVelo。

基于單調(diào)表達基因的細胞分化軌跡推斷新框架(PhyloVelo)
該方法通過整合譜系示蹤和單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),利用單調(diào)表達基因構(gòu)建一個新穎的細胞分化時鐘模型,能準確預測細胞過往狀態(tài)和分化軌跡。相比傳統(tǒng)方法,PhyloVelo在推斷準確性和穩(wěn)定性方面都有明顯提升,為發(fā)育和疾病研究提供了有力的計算分析工具。
該成果發(fā)表于Nature Biotechnology,推薦理由:基于譜系示蹤信息精確計算RNA速率的新方法。
據(jù)悉,GPB組織評選了2018年度、2019年度、2020年度、2021年度和2022年度“中國生物信息學十大進展”。今年,經(jīng)過100余名國內(nèi)外生物信息學領(lǐng)域教授/研究員推薦,初選、復選投票,以及復核程序,GPB評選出2023年度“中國生物信息學十大進展”。
PI簡介——胡政
中國科學院深圳先進技術(shù)研究院合成生物學研究所研究員,合成生物進化研究中心主任,博士生導師。研究方向為體細胞演化與計算生物學,主要運用基因組學、單細胞譜系追蹤和數(shù)學建模等方法解析細胞命運決定和腫瘤演化的機制。主持科技部國家重點研發(fā)項目(課題負責人)、國自然醫(yī)學專項、國自然面上等項目。
近年來以第一或通訊作者論文發(fā)表于Nature??Biotechnology、Nature Genetics(3篇)、PNAS、Nature Communications、Molecular??Biology and??Evolution等國際期刊。曾獲得美國創(chuàng)新基因組研究所博士后獎、歐洲癌癥研究協(xié)會“十佳論文獎”、中國科學院院長優(yōu)秀獎等獎項。
附件下載: