Chemical Society Reviews封面文章 | 深圳先進(jìn)院鐘超/上海有機(jī)所劉聰:功能性淀粉樣蛋白纖維的理性設(shè)計(jì)
近日,中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院合成生物學(xué)研究所鐘超研究員與中國(guó)科學(xué)院上海有機(jī)化學(xué)研究所生物與化學(xué)交叉研究中心劉聰研究員共同通訊在國(guó)際知名學(xué)術(shù)期刊Chemical Society Reviews在線發(fā)表題為“Rational design of functional amyloid fibrillar assemblies”的綜述,并被選為封面文章于7月17日在線發(fā)表。文章綜合了合成生物學(xué)改造和結(jié)構(gòu)調(diào)控兩方面的內(nèi)容,詳細(xì)總結(jié)了功能性淀粉樣蛋白纖維的理性設(shè)計(jì)策略,并對(duì)未來(lái)如何將人工智能融入其設(shè)計(jì)過(guò)程進(jìn)行了展望。深圳先進(jìn)院副研究員王新宇和有機(jī)所副研究員張勝男為共同第一作者,深圳先進(jìn)院博士后張繼聰和碩士研究生王瑤敏也為本文的撰寫提供了大力支持。

文章上線截圖
淀粉樣蛋白在1854年被德國(guó)科學(xué)家Rudolf Virchow在大腦切片中首次發(fā)現(xiàn),在很長(zhǎng)一段時(shí)間,其被認(rèn)為與阿爾茲海默癥、帕金森癥等神經(jīng)退行性疾病相關(guān)。直到近30年來(lái),研究人員在細(xì)菌、真菌、植物、昆蟲乃至哺乳動(dòng)物當(dāng)中發(fā)現(xiàn)了參與水下粘合、信號(hào)傳導(dǎo)、病毒感染和記憶存儲(chǔ)等過(guò)程的“功能性淀粉樣蛋白”。
功能性淀粉樣蛋白在自然界中廣泛存在,可多級(jí)自組裝成不同尺寸的材料,具備可編程的功能活性、超強(qiáng)的穩(wěn)定性(可以抵抗酶解和高溫)和優(yōu)異的機(jī)械性能(韌如絲、強(qiáng)如鋼),并且通過(guò)不同的技術(shù)方案可以實(shí)現(xiàn)其組裝的精準(zhǔn)調(diào)控。
合成生物技術(shù)的發(fā)展(例如轉(zhuǎn)錄、群體感應(yīng)、震蕩線路或邏輯門線路),為功能性淀粉樣蛋白纖維的分泌和組裝提供了時(shí)空分辨的調(diào)控手段。將物理/化學(xué)相互作用和合成生物工具相結(jié)合,開發(fā)出的新型功能淀粉樣蛋白材料,已經(jīng)被用于污水凈化、牙釉質(zhì)修復(fù)、組織工程、病毒去除、半人工光合、超聲成像、生物治療等各類實(shí)際應(yīng)用領(lǐng)域(圖1)。
自淀粉樣蛋白發(fā)現(xiàn)以來(lái),對(duì)其精細(xì)結(jié)構(gòu)的探索從未停止。其基本結(jié)構(gòu)是垂直于纖維軸的β折疊結(jié)構(gòu),并且擁有4.7 ?的徑向衍射和10 ?的赤道衍射。直到2005年才確定了淀粉樣蛋白纖維(Sup35)第一個(gè)原子分辨率的結(jié)構(gòu),而后隨著冷凍電鏡和固態(tài)核磁的發(fā)展,越來(lái)越多淀粉樣蛋白纖維的精細(xì)結(jié)構(gòu)被清晰的鑒定了出來(lái)(圖2)。對(duì)原子級(jí)別結(jié)構(gòu)的理解也為淀粉樣蛋白纖維的理性設(shè)計(jì)提出了原子級(jí)別的調(diào)控方案。
正是由于合成生物學(xué)和結(jié)構(gòu)生物學(xué)的發(fā)展,功能性淀粉樣蛋白纖維的設(shè)計(jì)出現(xiàn)了新的趨勢(shì)。本綜述從工程設(shè)計(jì)角度和結(jié)構(gòu)解析兩方面對(duì)功能性淀粉樣蛋白的設(shè)計(jì)和應(yīng)用進(jìn)行了深入探討。首先介紹了功能性淀粉樣蛋白的基本結(jié)構(gòu)構(gòu)型,并展示了兩種典型代表:來(lái)自人類的RIRK3和來(lái)自細(xì)菌的CsgA。緊接著概述了設(shè)計(jì)功能性淀粉樣蛋白的兩種基本策略:(1)通過(guò)模塊化設(shè)計(jì)或雜化策略引入新的功能;(2)利用基因線路動(dòng)態(tài)調(diào)控活體淀粉樣蛋白纖維的自組裝。合成生物學(xué)策略在淀粉樣蛋白設(shè)計(jì)中的應(yīng)用促進(jìn)了具有不同嵌入活性的功能性淀粉樣蛋白纖維組裝體的發(fā)展,可用于體外和體內(nèi)的眾多應(yīng)用。然而,目前功能性原纖維的設(shè)計(jì)原則主要集中在初級(jí)蛋白序列上,而忽略了淀粉樣原纖維在原子水平上的三維結(jié)構(gòu)。因此,本文進(jìn)一步探討了結(jié)構(gòu)解析技術(shù)的突破對(duì)淀粉樣蛋白纖維的結(jié)構(gòu)多態(tài)性的揭示,并闡明了不同因子對(duì)淀粉樣蛋白組裝和解組裝的調(diào)控途徑和機(jī)制。原子級(jí)別的結(jié)構(gòu)知識(shí)將極大的助力淀粉樣蛋白纖維的結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì),多樣化生物功能的開發(fā)和性質(zhì)的調(diào)控。此外,AI技術(shù)的發(fā)展使得智能設(shè)計(jì)具備特定性質(zhì)和功能的淀粉樣蛋白組裝體成為可能。
整合AI技術(shù)、結(jié)構(gòu)調(diào)控和合成生物學(xué),功能性淀粉樣蛋白的智能設(shè)計(jì)將被廣泛用于解決環(huán)境、生物醫(yī)學(xué)和生物電子器件等領(lǐng)域的挑戰(zhàn)(圖3)。
本工作獲得了國(guó)家自然科學(xué)基金、國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃項(xiàng)目、深圳市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室和深圳合成生物學(xué)創(chuàng)新研究院等項(xiàng)目的支持。
圖1:功能性淀粉樣蛋白在環(huán)境、能源及生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用
圖2:不可逆淀粉樣原纖維和可逆淀粉樣原纖維的結(jié)構(gòu)多態(tài)性
圖3:功能性淀粉樣蛋白纖維的理性設(shè)計(jì)策略與展望
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